In dem zweiten Film zur Anime-Serie rückt die letzte Auseinandersetzung mit der Synapse immer näher. Während Tomoki Sakurai und Ikaros sich bemühen, ihr Leben und ihre Beziehung wie gewohnt weiterzuführen, findet Eishirou Sugata immer mehr über die Hintergründe ihres Gegners heraus. Doch sein Plan, Tomoki nicht in die Geschehnisse zu verstricken, schlägt fehl und bald schon stehen sich die Kontrahenten in einem letzten Gefecht gegenüber.