De oorlog tegen het terrorisme explodeerde letterlijk op de dag dat Sarajevo werd verwoest door een zelfgemaakte kernbom. De leidende democratieën zijn omgevormd tot staten van totaal toezicht, en de ontwikkelingslanden zijn verdronken onder een golf van genocides. De mysterieuze Amerikaan John Paul lijkt achter de ineenstorting van het wereldsysteem te zitten, en het is aan inlichtingenagent Clavis Shepherd om John Paul op te sporen door de puinhopen van beschavingen heen en om het ware hart van de duisternis te vinden: een genocidaal orgaan.