Chibi Maruko chan is de bijnaam van een lieflijk onaangenaam 9-jarig meisje. Ze bedriegt haar grootvader, denkt urenlang na over hoe ze haar zakgeld moet besteden en heeft een hekel aan het zitten naast lelijke jongens. Ze praat, voelt en leeft net zoals echte kinderen dat doen. Als het tweede semester begint, keren Maruko en haar klasgenoten terug naar hun kleine groepjes. Maruko's groep bestaat uit twee stoute jongens en Maruko wordt gedwongen een van hun ondergeschikten te zijn. Het lijkt erop dat ze op school veel druk ervaart.