Op aarde, acht maanden na het einde van de Eenjarige Oorlog. Kapitein Monica lanceert een geheime missie, Operatie Thunderbolt, en kiest Io om de Atlas Gundam te besturen. Ze leidt de aanval aan boord van het Spartaanse schip in een deel van de oceaan onder controle van de South Seas Alliance. Hun doel is om de gegevens van de Psycho Zaku die in het bezit zijn van de Alliantie veilig te stellen of te vernietigen. Daryl, die de overhand heeft gekregen in zijn strijd tegen Io, is afgedaald naar de aarde tussen de overlevenden van Zeon's troepen. Hij kreeg ook de opdracht om informatie te verzamelen over de Psycho Zaku. Terwijl hij samen met zijn nieuwe kameraden vecht, ontmoet Io Peer, die het grensgarnizoen van de South Seas Alliance leidt. Van oceaangolven tot ijsvelden tot jungle-diepten, de Mobile Suits van Zeon, de Federatie en de South Seas Alliance zullen het meedogenloos tegen elkaar opnemen.