Hultkvist sökte en roll i Bille Augusts filmdrama Jerusalem från 1996. Hon fick inte rollen, vilken istället gick till Stina Wargert, men redan 1997 blev hon snabbt känd i rollen som "Wilma" i SVT:s TV-serie Skärgårdsdoktorn som sändes under tre år. Ebba Hultkvist spelade därefter huvudrollen i långfilmen Festival från 2001, och under de följande åren medverkade hon även i några andra svenska filmer. Hon deltog i TV 4:s program Let's Dance 2007, där hon tävlade tillsammans med Jonathan Näslund. Paret åkte ut i avsnitt 9.