Terwijl Team Plasma bezig is met het uitvoeren van hun kwaadaardige plan om de Lichtsteen te stelen en N gevangen te nemen, vechten Cilan en Iris hard terug en zitten Ash en N nog steeds ondergronds gevangen. N voelt de opschudding die bovengronds aan de gang is, want hij hoort de innerlijke stemmen en kreten van zijn Pokémonvrienden die in nood verkeren. Ash besluit dat ze weg moeten om te helpen en herinnert zich één van Professor Cedric Juniper’s avonturiersregels: geef niet op voor het afgelopen is! Terwijl N verbaast toekijkt, haalt Ash de rest van zijn Pokémon tevoorschijn en ze graven samen een tunnel tot aan de oppervlakte. N bewondert de band tussen hen. Intussen heeft Colress zijn Pokémon manipuleer apparaat geactiveerd en roepen Cilan en Iris dat Crustle en Dragonite in hun Poké Balls moeten terugkeren, zodat de machine geen macht over hen kan krijgen. Dit maakt ze kwetsbaar en Team Plasma neemt ze gevangen! Aldith wil dat Colress de de onder invloed zijnde Pokémon ondergronds stuurt, maar op dat moment schiet Krookodile de grond uit, gevolgd door Charizard, Ash en N, die de Lichtsteen vasthoudt! Colress richt zijn apparaat op de Pokémon van Ash en Ash laat ze allemaal in hun bal terugkeren, behalve Pikachu, die een afkeer van zijn Poké Ball heeft. Het apparaat van Colress doet zijn werk en een grommende Pikachu valt onze helden aan. Ash doet er alles aan zodat zijn beste vriendje hem herkent, maar het heeft geen zin en Pikachu ontketent van dichtbij een krachtige Bliksemstraal op Ash, zodat hij bewusteloos neervalt. N geeft zichzelf over en wil ze de Lichtsteen overhandigen, op voorwaarde dat Colress zijn apparaat uitzet en Pikachu vrijlaat. Colress gaat akkoord, N wordt door Team Plasma gevangen genomen en Pikachu komt weer tot zijn positieven en knuffelt de gewonde Ash. Intussen arriveert Ghetsis en hij onthult zijn ultieme doel: De Legendarische Pokémon Reshiram uit de Lichtsteen laten ontwaken en de macht over zijn geest krijgen! Zullen onze helden er in slagen om dit doortrapte plan tegen te houden?