Conan informa Agasa che i fascicoli di Kogoro sono stati sottratti e poi restituiti, sospettando l'Organizzazione ma ritenendo che il suo legame con Shinichi sia ancora segreto. Per proteggere Ai, le nasconde la verità. Heiji giunge a Tokyo per supportare l'amico: i sospetti di entrambi convergono su Chris Vineyard e sulla sua possibile somiglianza con Jodie. I due decidono di visitare l'abitazione dell'insegnante per indagare, ma proprio mentre si apprestano a uscire a cena con lei, assistono alla tragica caduta del vicino di casa dal balcone del ventunesimo piano, dando inizio a un nuovo e inquietante mistero.