Shinichi ottiene da Ai le dosi necessarie di antidoto e partecipa finalmente alla gita scolastica a Kyoto nei suoi veri panni. L'incontro con Masumi Sera conferma i sospetti della ragazza, ormai certa che il liceale e Conan siano la stessa persona. Anche Heiji Hattori giunge in città per monitorare le condizioni dell'amico e prevenire una regressione pubblica. L'atmosfera romantica della gita viene però spezzata da una serie di brutali omicidi che sembrano ispirati a leggende locali e a un misterioso codice cinematografico. Shinichi, Masumi e Heiji uniscono le proprie abilità deduttive per dare la caccia al colpevole tra i templi della città, mentre Ran attende con ansia di dare una risposta alla dichiarazione d'amore fatta a Londra da Shinichi.